アップデートが出たこともあり、一太郎2013がmobiファイルへのコンバートが出来るようになりました。

※ついでに。2月下旬にKindleフォーマットも一部改訂されたようなので、コンバーターなんかもアップデートした方がいいです。メニュー周りの規格が変わった模様。

結論から言うと、一太郎で完結させたものを、そのまま出すぶんには使えますけど、それだけでは使えないような気がしますね。

一番きついのは「目次対象行にルビが振ってあった場合、目次機能では（）内に開く」という悪癖。
つまり「輝（かがや）き」みたいに表示されること。
目次の場合、ルビなしにしたいと思うんですがね。

まあ、Kindleフォーマット用に自動生成される目次頁（メニューの「移動」に表示されるものをここでは「目次機能」、表紙の次のページとして読み込まれるのを「目次頁」と称しています）は極めて使い勝手が悪いので、ぶっちゃけ「本文としての目次」を生成した方がいいかもしれないけど。

そういう意味で、色々加工したい人は、epub3に変換して、ツールで補正してからKindle化した方がいいようです。
尤も、今回の規格変更の結果、勝手に目次頁が作られてしまうような気もするんだけど。