Divx10.5が犯人と言うことでほぼ確定しました。

どうやら作業フォルダの中身を一度全クリアする仕様みたいなんですよ。10.4までは「作業ファイル」をクリアする仕様だったのに、です。
その関係で、作業フォルダ直下にあったファイルの論理構造を破壊(ただし、何故か一階層のみを破壊するので、二階層目のファイルはクラスタスキャンすると出てくる)し、クラスタスキャンで再認識出来なくしてしまうらしい。

しかも嫌らしいことに、10.5から複数のおまけソフトが付いてくるようになったのだけれど、そのおまけソフトの片方を入れないとdllが足りなくてエンコード出来ないとエラーを吐く。

ひどいソフトになったもんだDivx。しかもWindows10では一部のコーデックの認識が出来ないらしい。
※ファイル復旧ソフトで拡張子.divxが拾えないのもOS依存かな。

結果として、かなりのファイルが復帰不可能となってしまいました。嘘やろ・